公元4世纪，罗马帝国日渐衰落，在亚历山大港，多神教的智者希帕提娅（蕾切尔·薇姿 Rachel Weisz 饰）为弟子们授课。奥利斯蒂斯（奥斯卡·伊撒克 Oscar Isaac 饰）对她频频示爱，甚至在剧院大胆表白；奴隶达乌斯（麦克思·明格拉 Max Minghella 饰）也对她颇有好感，但因身份卑微无法启口。与此同时，基督教徒宣扬的自由，让达乌斯的信仰开始动摇，此举令他遭受鞭刑，是希帕提娅为他疗伤，抚慰了他的心灵。时局动荡，在多神教的挑动下发生暴乱，基督教转而取得优势，双方在亚历山大图书馆对峙。后来，接到了罗马统治者的号令，让多神教撤出图书馆，允许基督教徒进入，于是一场残酷的浩劫开始了……